Vietnamen’s Weblog

Time, Chances, Diligence, Intelligence: which is the most important?

Protein resources

leave a comment »

Lịch sửcủa quá trình phát hiện cấu trúc protein (Berman, 2008).

screenshot_01

  1. http://journals.iucr.org/a/issues/2008/01/00/sc5004/sc5004.pdf
  2. http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/full/28/1/235 (The Protein Data Bank)

Protein Data Bank (PDB)

– Cấu trúc 3D của các proteins được lưu trữ dưới dạng text file – qua 2 formats chính là PDB (column-based) và PDBML (XML-based file format)

– Cấu trúc 3D của mỗi protein được xác định bằng thực nghiệm nhờ vào các kĩ thuật phức tạp là X-ray crystallography và proteinNMR.

– Các nhà nghiên cứu muốn công bố cấu trúc của một protein mà họ tìm ra phải cung cấp thông tin theo chuẩn  PDB. Vì thế việc truy xuất chúng khá dễ dàng nhờ Internet.

Links:

  1. http://www.pdb.org/pdb/home/home.do (Truy xuất thông tin PDB của proteins nếu biết ID của nó hoặc tên tác giả công bố)
  2. http://www.rcsb.org/robohelp_f/#structure_explorer/summary_information.htm (Cấu trúc file PDB)
  3. http://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=education_discussion/Looking-at-Structures/coordinates.html

Molecular Visualization Software

– Cấu trúc 3D được lưu trữ trong file PDB có thể được tái tạo lại bằng các công cụ  đồ họa như VMD, PyMOL…

  1. http://www.umass.edu/microbio/rasmol/othersof.htm
  2. http://www.molvis.indiana.edu/C571_F02/molvis_software.html

Molecular Dynamic Simulations

– Thông tin thực nghiệp thu thập được (lưu trong PDB) giúp ta có thể tính được tương tác giữa các atom trong một residue, giữa residue này và residue khác (ví dụ: covalent bond, non-covalent bond, bond stretch, angle stretch…)  nhờ vào forcefield đã được thiết lập. Từ đó giúp tìm ra conformation của protein ở trạng thái cân bằng  (minimized energy). Đồng thời quá trình biến đổi từ trạng thái ban đầu sang cân bằng có thể được minh họa bằng các dùng các tool trong Molecular Visualization Software. Việc tính toán là quá trình rất phức tạp, tốn thời gian và có các molecular dynamics softwares hỗ trợ (free lẫn commercial). Trong đó rất phổ biến là  CHARMM.

Links:

  1. http://en.wikipedia.org/wiki/Category:Molecular_dynamics_software
  2. http://www.charmm.org/
  3. http://www.charmming.org/charmming/
  4. http://www.charmm-gui.org/
  5. http://en.wikipedia.org/wiki/Force_field_(chemistry)
  6. http://en.wikipedia.org/wiki/Category:Intermolecular_forces
  7. http://en.wikipedia.org/wiki/Water_model (TIP3, TIP4P…)

CHARMM

  1. http://www.scripps.edu/rc/softwaredocs/msi/quanta98/charmm/Ch01_intro.FM5.html

Written by vietnamen

Tháng Hai 6, 2009 lúc 4:43 chiều

Posted in Linh tinh, Tin Sinh học

Tagged with

Gửi phản hồi

Mời bạn điền thông tin vào ô dưới đây hoặc kích vào một biểu tượng để đăng nhập:

WordPress.com Logo

Bạn đang bình luận bằng tài khoản WordPress.com Log Out / Thay đổi )

Twitter picture

Bạn đang bình luận bằng tài khoản Twitter Log Out / Thay đổi )

Facebook photo

Bạn đang bình luận bằng tài khoản Facebook Log Out / Thay đổi )

Google+ photo

Bạn đang bình luận bằng tài khoản Google+ Log Out / Thay đổi )

Connecting to %s

%d bloggers like this: