Vietnamen’s Weblog

Time, Chances, Diligence, Intelligence: which is the most important?

Dynamic Simulation tools

leave a comment »

Pymol

Disable compiz by selecting System\Preference\Appearance\Visual Effect –> none, if Segmentation fault occurs.

References:

  1. http://www.pymolwiki.org/index.php/Linux_Install
  2. http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=584011

VMD

sudo apt-get install libstdc++5

Download source file (LINUX OpenGL version if you’re using an Intel computer)

Extract and edit the ./configure file as follows

$install_bin_dir=”/usr/local/vmd/bin”;
$install_library_dir=”/usr/local/vmd/lib/$install_name”;

Run ./configure

Jump to src folder:

cd src

Execute:

sudo make install

Edit the ~/.bashrc file

if [ -f /usr/local/vmd/bin/vmd ]; then
PATH=$PATH:/usr/local/vmd/bin/
export PATH
fi

Hit:

source ~/.bashrc

to update the bash shell. However, when you run vmd, you’ll get this error:

bash: ./vmd: /bin/csh: bad interpreter: No such file or directory

You still need csh (C-shell) to run it. Install csh,

sudo apt-get install csh

Then, hits

vmd

it’s like a magic.

References:

  1. http://ubuntuforums.org/archive/index.php/t-598518.html
  2. http://www.chem.ac.ru/Chemistry/Soft/PYMOL.en.html

Gromacs

http://www.gromacs.org/

Written by vietnamen

Tháng Ba 20, 2009 lúc 7:20 sáng

Posted in Living better with Ubuntu, Tin học

Tagged with ,

Gửi phản hồi

Mời bạn điền thông tin vào ô dưới đây hoặc kích vào một biểu tượng để đăng nhập:

WordPress.com Logo

Bạn đang bình luận bằng tài khoản WordPress.com Log Out / Thay đổi )

Twitter picture

Bạn đang bình luận bằng tài khoản Twitter Log Out / Thay đổi )

Facebook photo

Bạn đang bình luận bằng tài khoản Facebook Log Out / Thay đổi )

Google+ photo

Bạn đang bình luận bằng tài khoản Google+ Log Out / Thay đổi )

Connecting to %s

%d bloggers like this: