Vietnamen’s Weblog

Time, Chances, Diligence, Intelligence: which is the most important?

Archive for the ‘Tin Sinh học’ Category

Nice links

leave a comment »

  1. http://www.biotech.hcmuns.edu.vn/store/elib/congtrinh.html (Khoa Sinh học – DH KHTN HCM)
  2. http://www.bionetviet.org/introduction.htm (Mạng lưới Tin sinh học của một số nhà làm Bioinformatics Việt Nam)
  3. http://www.nhasinhhoctre.com/forum/viewtopic.php?f=36&t=1653&p=11818 (Một topic của Diễn đàn Nhà Sinh Học Trẻ bàn về Bioinformatics)
  4. http://www.sinhhocvietnam.com/forum/archive/index.php?f-19.html (Topic bàn về Bioinformatics của SinhHocVietNam Forum)
  5. http://alohello86bio.blogspot.com/ (Mot blog có bàn về Bioinformatics)

Và một tổng hợp khá đầy đủa (tớ chưa check và filter links) từ http://alobioinfo.blogspot.com/

bio address

1. Ngành công nghệ sinh học:
1.1.Trong nước:
www.ttvnol.com/forum Diễn đàn công nghệ sinh học
www.sinhhocvietnam.com Diễn đàn sinh học Việt Nam
www.bio4sh.com Diễn đàn công nghệ sinh học
www.vnbio.org/forum Diễn đàn công nghệ sinh học.
www.clst.ac.vn/opac/forum Diễn đàn công nghệ sinh học.
www.aquarium.ppvn.com/diendan : Diễn đàn công nghệ sinh học.
www.chuyensinh.iwebland.com/forums Diễn đàn chuyên sinh
www.nhasinhhoctre.com/forum Diễn đàn nhà sinh học trẻ (jupi18)
www.diendannongnghiep.info Diễn đàn nông nghiệp
www.tinsinhhoc.org Diễn đàn tin sinh học
www.cbl-ibt.ac.vn Viện công nhệ sinh học
www.agbiotech.com.vn Viện công nghệ sinh học
www.cmbb.ac.vn Viện công nghệ sinh học
www.biovn.host.sk/index.htm Sinh học Việt Nam.
www.biotechvn.com.vn Trung tâm chuyển giao tiến bộ SH
www.congnghemoi.com.vn Công nghệ sinh học
www.vietbiotech.compublish Công nghệ sinh học VN Magazine
www.sofri.ac.vn Viện nghiên cứu cây ăn quả MN
www.vnio.org.vn Viện Hải Dương Học
www.sweb.cz/euro.tr.com Công nghệ bia tươi
www.its-vietnam.com Cung cấp thiết bị phòng thí ngiệm và môi trường nuôi cấy
www.taiphat.com.vn Cung cấp thiết bị phòng Tnghiệm
www.sbio.com.vn Cty CP CNSH Sài Gòn
www.vi.wikipedia.org/wiki Bách khoa toàn thư (tiếng Việt)
www.en.wikipedia.org/wiki Bách khoa toàn thư (tiếng Anh)
www.sinhthaivietnam.com Sinh thái Việt Nam.
www.vncreatures.net Sinh Vật Rừng Việt Nam.
www.thiennhien.net Thiên nhiên Việt Nam.
www.thiennhien.org Diễn đàn thiên nhiên
www.kinhtemoitruong.dk3.com
www.xangsachdep.dk3.com Môi trường
www.dominh.com Cty TNHH Đỗ Minh
http://nature.org Hiệp hội bảo vệ thiên nhiên
www.nea.gov.vn Cục bảo vệ môi trường.
www.ciren.gov.vn Bộ tài nguyên môi trường.
www.khoahoc.net/sinhhoc.htm
www.monre.gov.vn Tài nguyên môi trường Việt Nam.
www.vnxanh.com Công nghệ môi trường.
www.moste.gov.vn Bộ KHCN & MT
www.vista.gov.vn/khtn Sở KHCN TP HCM
www.mast.gov.vn KHCN NN và PTNT
www.caycanhvietnam.com Cây cảnh Việt Nam
www.bio.ioit-hcm.ac.vn Phân viện công nghệ thông tin
www.ncst.ac.com Viện Khoa Học và Công Nghệ VN
www.cares.org.vn Trung tâm nông nghiệp Hà Nội.
www.khuyennong.gov.vn Cục khuyến nông
www.virila.ac.vn Viện NC Bộ Tài Chính TNMT
www.ias.org.vn Viện khoa học KT Nông Nghiệp.
www.greentech.com.vn Cty TNHH KT Xanh
1.2. Nước ngoài:
www.ncbi.nlm.nih.gov TT thông tin quốc gia về CNSH Mỹ
www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/ CSDL các công trình KH đã công bố PUBMED
www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/index.html Cấu trúc và đặc tính của Nucleotide
www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy/ CSDL phân loại sinh học
www3.ncbi.nlm.nih.gov/Omim CSDL về Genome người OMIM
www.gdb.org CSDL về Genome người GDB
http://genome.stanford.edu/ Stanford University genome site
http://mips.gsf.de/ Munich Information Centre for Protein Sequences
http://www.ebi.ac.uk European Bioinformatics Institute
http://www.expasy.org/ Expert Protein Analysis System (Expasy) of the Swiss Institute of Bioinformatics
http://blocks.fhcrc.org/ Fred Hutchinson Cancer Research Center (BLOCKS protein domain server site)
http://dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/seq-util/seq-util.html Baylor Search Launcher
http://workbench.sdsc.edu/ San Diego Supercomputing ` Workbench
http://jura.ebi.ac.uk:8765/ext-genequiz/ GeneQuiz
http://www.genome.wi.mit.edu/cgi-bin/primer/primer3_www.cgi/ Specialty tools
· Electronic PCR: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/sts/epcr.cgi
· Primer
· (BLAST & ClustalW (more later)
http://www.ncgr.org National Center for Genome Resources
http://www.tigr.org The Institute for Genomic Research
www.cgsc.biology.yale.edu/top.html CSDL về vi khuẩn E.coli
www.susi.bio.uni-gienssen.de/ecdc.html CSDL về vi khuẩn E.coli
www.mips.biochem.mpg.de/proj/yeast/ CSDL về nấm men
www.stanford.edu/Saccharomyces/ CSDL về nấm men
www.ebi.ac.uk/databases Viện tin-sinh học Châu Au
www.ebi.ac.uk/embl/databases/ Cấu trúc và đặc tính của Nucleotide
www.nig.ac.jp/section/service.html Viện gen quốc gia Nhật Bản
www.expasy.org Hệ thống nghiên cứu phân tích cấu trúc Protein Thụy Sĩ
—Soft
http://www.perl.org/
http://www.activestate.com (Win32 versions)
http://www.activestate.com Large public repository of Perl modules(Win32 versions)
http://www.acedb.org Database Management Systems
http://www.mysql.org Open Source Projects & Collaborative Standards
http://www.open-bio.org (Perl, Python, Java, Corba, Das, Moby)
http://www.emboss.org
http://www.biodas.org
http://www.biomoby.org
http://psb.stanford.edu Meetings
http://psb.stanford.edu Meetings
http://www.open-bio.org Colleagues
http://bioinformatics.oupjournals.org Journals
http://www.oreilly.com/ Books

— Cấu trúc và đặc tính chuổi animo acide và protein
www.nbrf.georgetown.edu Resources PIR
www.expasy.ch SWISS-PROT
www.ebi.ac.uk/swissprot/ SWISS-PROT
www.ebi.ac.uk/trEMBL/ trEMBL
www.expasy.ch/enzyme/ PROTISE
www.bioinf.man.ac.uh/bsm/dbbrowner/PRINTS/PRINTS.html PRINTS
www.genom.ad.jp/kegg/ CSDL Proteomic
www.wit.mcs.anl.gov/WIT2 CSDL Proteomic
www.ncbi.nlm.nih.gov/COG CSDL Proteomic
—– Dữ liệu về Enzyme
www.expasy.ch/enzyme / Enzyme databases
www.brenda.uni-koeln.de/brenda Enzyme brenda
www.genome.ad.jp/dbget/ligand.html Enzyme và phản ứng enzyme
www.atcc.org Viện bảo tàng giống quốc gia Mỹ
www.dsmz.de Viện bảo tàng giống QG CHLB Đức
www.embase.com Cơ sở dữ liệu Y- dược
www.bioformatics.com Công nghệ sinh học.
www.isaaa.org TT Tri Thức Toàn Cầu về Bio.
www.ddbj.nig.ac.jp Cấu trúc và đặc tính của
Nucleotide
www.bioremediationgroup.org/BioLinks/Links/news.htm Địa chỉ một số nhóm tin liên quan đến công nghệ sinh học
www.greenworld.org.ru
www.bio3tat.wisc.edu/geda/eba.htm Sinh Học Phân Tử
www.rana.lbrl.gov/Eisen.Software.htm Sinh Học Phân Tử
www.dchip.org Sinh Học Phân Tử
www.genemapp.org Sinh Học Phân Tử
www.gramene.org Sinh Học Phân Tử
www.mann.embl-heidelberg.de/Defaut.html Sinh Học Phân Tử
www.thompson.mbt.washington.edu/sequest
www.prospector.ucsf.edu/mshome.htm
www.seqnet.dl.ac.uk
http://www.brenda.uni-koeln.de
www.irri.org International Rice Research Institude
http://www.irri.org/bioinformatics

www.biosynth.com
www.bme.www.ecn.purdue.edu/bme
www.biosis.org Thông tin về cổ sinh học và động vật hoang dã
www.itis.usda.gov/itis/ CSDL hệ thống phân loại các giới
www.iopi.csu.edu.au/iopi/ Thông tin về thực vật
www.plantphys.net Sinh Lý Thực Vật
www.botany.com Sinh Lý Thực Vật
—– Vi sinh học
http://nationalgeographic.com/world/001/bacteria TT địa lý quốc gia Mỹ
www.microscopy-uk.org.uk
www.amnh.org/nationalcenter/infection/index.html Bảo tàng lịch sử tự nhiên HKì
www.ucmp.berkeley.edu/collections/micro.html Bảo tàng cổ sinh học
www.uq.edu.au/nanoworld/images-1.html
www.microbe.org
www.micro.magnetfsu.edu/cells/virus.html
www.bacteriamuseum.org
www.microbeworld.org/mlc/pages/activities.asp
www.commtechlab.msu.edu/sites/dlc-me/zoo/index.html
http://ebiomedia.com/gall/gallery-main.html
http://questarc.nasa.gov/projects/astrobiology/fieldwork/student.html

2.Website ngành nông nghiệp
1.1.Trong nước:
www.vtv.vn/VTV2/nongnghiep.vtv Tạp chí nông nghiệp đài THVN
www.agroviet.gov.vn Thông tin NN & PTNT VN
www.clrri.org Viện lúa đồng bằn sông cữu long
www.ascardvn.com TT tư vấn hỗ trợ và PTNT
www.caygiong.com Cây giống chất lượng cao Island
www.fao.org.vn Tổ chức lương nông LHQ
www.vcn.vnn.vn Viện chăn nuôi
www.vietlinh.com.vn Nuôi trồng TS & NN
www.ticay.com Trái cây ngon
www.marketprices.om.vn Bản tin thị trường
www.niapp.org.vn Viện quy hoạch & Thiết kế NN
www.oshvn.net/vn/huongdansudungthuocbvtvathq Hướng dẫn sử dụng thuốc BVTV
www.agnic.org Mạng thông tin nông nghiệp
www.ffi.org.vn Tổ chức bảo vệ động vật hoang dã
www.ria2.org.vn Viện nghiên cứu nuôi trồng TS
www.homunmpa.org.vn Dự án bảo tồn biển Hòn Mun
1.2.Nước ngoài:
www.abc.hu/englishver.html TT CNSH Nông Nghiệp Hungary
www.nalusda.gov/general_info/agricola/agricola.html Cơ sở dữ liệu về mạng Nông nghiệp
www.cabi.org Dữ liệu về mãng bệnh học trong Nông Nghiệp

Một số website đến từ http://alohello86bio.blogspot.com/

website biotechnology

Ngành CNSH:
1.1.Trong nước:
www.ttvnol.com/forum Diễn đàn CNSH
www.sinhhocvietnam.com Diễn đàn sinh học Việt Nam
www.bio4sh.com Diễn đàn CNSH
www.vnbio.org/forum Diễn đàn CNSH.
www.clst.ac.vn/opac/forum Diễn đàn CNSH.
www.aquarium.ppvn.com/diendan : Diễn đàn CNSH.
www.chuyensinh.iwebland.com/forums Diễn đàn chuyên sinh
www.diendannongnghiep.info Diễn đàn Nông nghiệp
www.tinsinhhoc.org Diễn đàn Tin Sinh học (đã die – check ngày 09 May 08)
www.cbl-ibt.ac.vn Viện CNSH
www.agbiotech.com.vn Viện CNSH
www.biovn.host.sk/index.htm Sinh học Việt Nam.
www.biotechvn.com.vn Trung tâm chuyển giao tiến bộ SH
www.congnghemoi.com.vn CNSH
www.sweb.cz/euro.tr.com CN Bia tươi
www.its-vietnam.com Cung cấp thiết bị phòng TN và môi trường nuôi cấy
www.taiphat.com.vn Cung cấp thiết bị phòng TN

www.vi.wikipedia.org/wiki Wikipedia (tiếng Việt)
www.en.wikipedia.org/wiki Wikipedia (tiếng Anh)
www.sinhthaivietnam.com Sinh thái Việt Nam.
www.vncreatures.net Sinh Vật Rừng Việt Nam.
www.thiennhien.net Thiên nhiên Việt Nam.

www.thiennhien.org Diễn đàn thiên nhiên

www.kinhtemoitruong.dk3.com
www.xangsachdep.dk3.com Môi trường
http://nature.org Hiệp hội bảo vệ thiên nhiên
www.nea.gov.vn Cục bảo vệ môi trường.
www.ciren.gov.vn Bộ tài nguyên môi trường.
www.khoahoc.net/sinhhoc.htm
www.monre.gov.vn Tài nguyên môi trường Việt Nam.
www.vnxanh.com Công nghệ môi trường.
www.moste.gov.vn Bộ KHCN và MT
www.vista.gov.vn/khtn Sở KHCN TP HCM
www.mast.gov.vn KHCN NN và PTNT
www.caycanhvietnam.com Cây cảnh Việ Nam
www.bio.ioit-hcm.ac.vn Phân Viện CNTT
www.ncst.ac.com Viện KH và CN VN

www.cares.org.vn Trung tâm NN Hà Nội.
www.khuyennong.gov.vn Cục khuyến nông
www.virila.ac.vn Viện NC Địa Chính
1.2. Nước ngoài:
www.bioformatics.com Tin sinh học.
www.isaaa.org TT Tri thức toàn cầu về Bioinformatics.
www.greenworld.org.ru

Written by vietnamen

Tháng Năm 9, 2008 lúc 2:46 chiều

Tin Sinh học (Bionformatics) và những lĩnh vực con của nó

leave a comment »

Trước hết, ta hãy đề cập đến định nghĩa của thuật ngữ ‘Tin sinh học‘.

- Hai tác giả T K Attwood và D J Parry-Smith, trong cuốn sách “Introduction to Bioinformatics“, Prentice-Hall 1999 [Longman Higher Education; ISBN 0582327881] định nghĩa:

Thuật ngữ tinh sinh học dùng để ám chỉ mọi ứng dụng của máy tính vào trong nghiên cứu sinh học, mà trước đây, vào giữa thập niên 1980, đã được gọi là phân tích dữ liệu về chuỗi trong sinh học” (Nguyên văn: “The term bioinformatics is used to encompass almost all computer applications in biological sciences, but was originally coined in the mid-1980s for the analysis of biological sequence data.”)

(Dữ liệu về chuỗi trong sinh học (biological sequence data hoặc biological information) đó là gì? Đó có thể là chuỗi nucleotide, chuỗi amino acid, …)

Tinh sinh học có từ bao giờ?

- Tác giả Mark S. Boguski trong bài báo ‘Bionformatics – a new era‘ năm 1998 cho rằng:

Thuật ngữ ‘tinh sinh học’ là một phát minh gần đây, chưa hề được đề cập từ trước năm 1991, và nhờ sự xuất hiện các tài liệu ấn bản điện tử. Tôi cho rằng sự xuất hiện của khái niệm tinh sinh học, có thể mô tả chính xác nhất, là nhờ vào sự hội tụ của 2 yếu tố cách mạng kĩ thuật: kĩ thuật trong công nghệ sinh học và sự bùng nổ công nghệ thông tin… Vì thế, tin sinh học, thực ra, đã tồn tại từ hơn 30 năm nay và bây giờ đang ở giai đoạn trung niên” (Nguyên văn: “The term “bioinformatics” is a relatively recent invention, not appearing in the literature until 1991 and then only in the context of the emergence of electronic publishing. I think that the current concepts of bionformatics was best described as the convergence of two technology revolutions: the explosive growth in biotechnology, paralleled by the explosive growth in information technology. … So bioinformatics has, in fact, been in existence for more than 30 years and is now middle-aged.”

- Khởi nguồn của tin sinh học có thể nói bắt đầu từ 1968 lúc Margaret Dayhoff cùng với bộ sưu tập các chuỗi protein gọi là ‘Atlas of Protein Sequence and Structure’. Một trong những ứng dụng đầu tiên của tin sinh học là truy tìm sự giống nhau về chuỗi để tìm nguồn gốc các gien của virus. Chương trình được sử dụng cho mục đích này, lúc đó là FASTP.

Tin sinh học ‘cổ điển’

Có một điểm đáng chú ý thú vị đó là: “các phân tử sinh học (biological molecules) có dạng là chất trùng hợp (polymer), nghĩa là cấu trúc được tạo thành bởi chuỗi liên tiếp các phân tử nhỏ hơn, đơn giản hơn (monomer). Nếu ta tưởng tượng các monomer là các hạt, dù có màu sắc và hình dạng khác nhau, thì đều có cùng độ dày, và kết hợp liên tiếp với nhau.

CHÚ Ý: Để có thể kết hợp được với nhau thành chuỗi, thì các monomer phải có những tính chất giống nhau nhất định, nghĩa là cùng thuộc về một lớp cụ thể, nhưng đồng thời, mỗi loại monomer trong lớp đó đều có những tính chất riêng biệt rõ rệt.
Phân tử được tạo thành từ liên kết của các monomer gọi là đại phân tử, macromolecule. Các macromolecules có thể có chứa các nội dung thông tin và có các tính chất hóa học cụ thể riêng biệt.

Trong cơ thể sinh vật, có 2 loại macromolecule DNA protein có thể được biễu diễn một cách mô hình (symbolic representation) dưới dạng chuỗi của các kí tự trong bảng chữ cái. Nhờ thế, thông tin về trật tự chuỗi có thể được lưu trữ dễ dàng trong máy tính.

CHÚ Ý: có 4 loại monomer (còn gọi là nucleotide) của DNA là A, T, G, C (và với RNA thì là A, U, G, C); và có 20 loại monomer phổ biến (còn gọi là acid amin) của protein: có thể gán bằng 1 kí tự hoa (hoặc chuỗi 3 kí tự – 2 hoa và 1 thường) tham khảo (chưa kể có 2 loại không phổ biến) .

Thông tin về trật tự sắp xếp, và thành phần của các monomer trong một macromolecule gọi là thông tin chuỗi trong sinh học (biological sequence data). Và khi mà số lượng thông tin về chuỗi quá lớn, thì người ta nghĩ đến việc dùng máy tính để lưu trữ, thu thập, phân tích, và dự đoán các thành phần cấu trúc này của các phân tử sinh học (biomolecule) khác. Đây cũng chính là mục đích của tin sinh học ‘cổ điển’

CHÚ Ý: Biomolecule bao gồm nucleic acid – nguyên liệu di truyền, và protein – sản phẩm của gien.

Tin sinh học ‘hiện đại’

Ngày nay, khi mà bộ gien – genome – của con người và nhiều sinh vật khác đã được giải mã, con người sẽ dễ dàng hơn trong việc nghiên cứu về nguồn gốc tiến hóa, mối quan hệ giữa các loài. Nghiên cứu về cái này có tên là comparative genomics.

Khi mà các kĩ thuật xác định mức độ biểu hiện gien – để xác định thông tin di truyền nào được kích hoạt – được phát triển, người ta có thể so sánh mức độ biểu hiện gien ở các giai đoạn phát triển bệnh khác nhau hay ở các tế bào khác nhau. Kĩ thuật microarray sẽ giúp cho việc nghiên cứu này.

Khi mà bộ gien được phát hiện đầy đủ, người ta nghĩ đến việc tìm vai trò của chúng, và mối tương tác giữa chúng. Đây là mục đích của functional genomics.

Đồng thời, có một sự chuyển đổi nghiên cứu, từ gien sang sản phẩm của gien – đó là protein. Bởi vì, người ta phát hiện ra rằng, đóng vai trò trực tiếp đến chức năng hoạt động của tế bào (cell) là protein chứ không phải là gien (DNA, RNA). Vậy là, người ta nghĩ đến việc thống kê chức năng và đặc tính tương tác giữa các protein (của người), mà tên gọi của nó lproteomics. Một lĩnh vực khác, nghiên cứu và dự đoán chức năng của mọi protein (của người), gọi là structural genomics.

Một lĩnh vực cuối cùng, có tên là medical informatics, chuyên nghiên cứu, quản lí mọi dữ liệu thực nghiệm liên quan đến một phân tử sinh học hoặc một bệnh nhân cụ thể. Dữ liệu này được đo đạc dùng các kĩ thuật thực nghiệm khác nhau như mass spectroscopy, hoặc các kĩ thuật dùng trong ống nghiệm (in vitro).

CHÚ Ý: Có thể thông tin không được chính xác, mong nhận sự góp ý của các bạn

Bài viết này được tổng hợp từ

http://wiki.bioinformatics.org/Bioinformatics

http://www.scq.ubc.ca/what-is-bioinformatics/

Written by vietnamen

Tháng Mười Một 27, 2007 lúc 1:25 chiều

Posted in Tin Sinh học

Follow

Get every new post delivered to your Inbox.